Random Records

เข้าเฉพาะแค่ lecture สไลด์ข้างล่างถ่ายมาเพื่อเก็บเป็นข้อมูลว่า เขาบริหารจัดการเรื่องศูนย์ต่าง ๆ อย่างไรบ้าง ในมหาวิทยาลัยเดียวกัน เพื่อให้การทำงานในเชิงเภสัชวิทยาครบลูป คือตั้งแต่หา target ไปถึงออกเป็น clinical study มีความชัดเจนพอสมควร ว่าใครเกี่ยวข้องตรงไหนในเฟสต่าง ๆ และจะมีการทำงานต่อเนื่องกัน สรุปคร่าวที่สนใจ - เลือก pdb ให้ถูกตัวเพื่อที่จะเอามา docking เพราะมีหลายไฟล์ และ resulution ก็ไม่เหมือนกัน วิธีที่ได้มาก็ไม่เหมือนกัน - เลือก accurate docking และ scoring algorithm ตรงนี้มีความสำคัญต่อการ docking - สารตัวไหนที่ต้องการสกรีน - GPU ที่เราจะใช้ มีความสำคัญในเรื่องความเร็ว - ตัว hit มีกี่ตัว - Docking ค่อนข้าง solid เพราะอิงจาก 1 snapshot ของโครงสร้างโปรตีน แต่ Molecular dynamics จะให้ protein มันขยับเขยื้อนได้ - การหา Candidate -- low binding enegy และ low flexibility -- หมายถึงจับได้แน่นไม่หลุด

 Personal thought: very impressive talk. The eye from the outsider but deeply understanding the research ecosystem in Thailand on the drug development. Thai researcher is very tough - I would say! PS. I used AI to conclude the sound from this public lecture. แหล่งข้อมูลนี้เป็นการอภิปรายโดยผู้เชี่ยวชาญด้านการพัฒนายาเกี่ยวกับการพัฒนาและสถานะของการวิจัยยาในประเทศไทย ผู้บรรยายหลักซึ่งเป็น Chief Medical Officer ชาวไทยคนแรกในระดับโลก เน้นย้ำถึงความภาคภูมิใจในความสามารถของบุคลากรทางการแพทย์และนักวิจัยไทย แต่ก็ชี้ให้เห็นช่องว่างและความท้าทายในกระบวนการพัฒนายา ตั้งแต่การขาด "System Integrator" หรือผู้ประสานงานหลัก ไปจนถึงปัญหาด้าน mindset ที่เน้นการให้บริการทางคลินิกมากกว่านวัตกรรม การให้ทุนที่ไม่ยั่งยืน และความเข้าใจที่คลาดเคลื่อนระหว่างหน่วยงานกำกับดูแลกับนักวิจัย การอภิปรายยังครอบคลุมถึงโอกาสของสมุนไพรและการปรับใช้ยาเดิม (Drug Repurposing) โดยเสนอแนะให้มีหน่วยงานอิสระที่ได้รับการยอมรับ เพื่อขับเคลื่อนการวิจัยยาในประเทศให้เกิดผลเป็นรูปธรรมและยั่งยืน การพัฒนายาในประเทศไทยยังไม่สามาร...

Note: In silico models for designing and discovering novel anticancer peptides Doi: 10.1038/srep02984 Dataset:  225 experimentally validated anticancer peptide (ACP) APD, http://aps.unmc.edu/AP/main.php -- antimicrobial peptides (AMP) CAMP, http://www.bicnirrh.res.in/antimicrobial (CAMP) DADP, http://split4.pmfst.hr/dadp/ (anuran defense peptides) Majority are AMP + BROAD spectrum of anticancer activities -- > positive samples The information on non-anticancer peptide -- > few in the literature thus they got 2,250 random peptides as non-ACP from the SWISS-PROT. This study NEGATIVE > POSITIVE -- > imbalance dataset Negative dataset  (2250) -- > no experimental validate!!! Alternate dataset -- > 225 experimental validate ACP +1372 non-ACP (AMPs without ACP activities) Available database: http://crdd.osdd.net/raghava/anticp/

Note: How Big Is Too Big for Cell Permeability? Doi: 10.1021/acs.jmedchem.7b00237 Prediction from human proteome to have protein-protein interactions; 100,000 - 1,000,000 (PPI) Challenges for PPI (nonclassical drug targets) Large Featureless (no unique characteristic) Flexible interfaces Mostly, located inside the cells Biologics drug; Lack of cell permeability Low bioavailability on oral administration In chemical side -- it is really important to understand the chemical space of peptides which contain following properties Cell permeable Drug-like molecules This paper mentioned “cyclic peptide” chemical space. What Cameron Pye did; Evaluate the impact of molecular size + lipophilicity on membrane permeability To check membrane permeability; Using artificial membrane permeability assay (PAMPA) MDCK (Madin-Darby canine kidney) cell clone (expresses low levels of P-glycoprotein -- efflux transporter) **This size-dependent permeability is not compatible with the traditional solubility − d...

Note for: A Proposal Regarding Reporting of In Vitro Testing Results Doi: 10.1158/1078-0432.CCR-13-0043 Failure to translate to clinical research examples; Sorafenib Vorinostat Metformin They ask reviewer to limit the publications which reported the concentrations were not related to clinical level, to prevent the failure rate at the clinical levels. The key point for the successfulness in term of translation from in vitro to clinical –  Testing with multiple cell lines Giving wide variation of sensitivity Only small portion of cell will be extremely sensitive at very low concentration This subgroup has special molecular feature which is targetable for particular drug Suggestion Cells – heterogeneity Test with many different types of cells Picking up the cell with show sensitivity with very low drug concentration Finding feature at the molecular level and tracing back to clinical level How to get rid of bad data Author proposed “desk reject” the MS which the concentrations are not ...