Posts

Showing posts with the label biobanking

Note: Big Data Management for Genomics Thailand (SI - Strategic Resesearch Forum)

Talk by Dr. Sissades Tongsima (National Biobank of Thailand) Understanding risk – > can aid us in making important life decisions to have a good health Thai-mutation database Biobank – MoPH Sequencing facility – ThaiOmics – private company run through BGI Computational infrastructure from NSTDA Operational plan Recruit patients Draw Blood sent to MoPH –  extract DNA with standard protocol DNA shift to ThaiOmics (Burapa U.) Send the data to NSTDA – creating tool for users easy to use สิ่งที่เขาเอามาคือ Variation by comparing with GRCh38 Looking at frequency of each variation See further whether it effects the exons, and protein structures As of now (2023-07-17) ~30,000 have been recruited Software Variant @nnotation and prioritization ปกติแล้วจะต้องซื้อเขาเอา – หลัก ๆ คือ เอา variants ที่น่าจะมีความเกี่ยวข้องกับโรค เอาออกมา – โดยดูในเรื่องของ sequence alignment, see whether they are conserved – this step requires expert domain to interpret and feedback the platform Cancer Targete...

ANRRC 2021 -- biobanking

Image
https://www.anrrc2021.com/ 1. มีโอกาสได้ฟัง conference นี้ โดยเฉพาะช่วงที่บรรยายโดย Dr. Jennifer ที่เป็นเรื่องเกี่ยวกับ human biobanking 2. เพราะที่ทำงาน ทำงานเกี่ยวกับ biobanking เหมือนกัน แต่ก็รู้สึกตกใจเมื่อการทำงานไม่มี SOP support และไม่มีแผนงานที่ทุกคนเข้าใจในเป้าหมายเดียวกัน ซึ่งเป็นเรื่องที่สำคัญมาก 3. การมี biobanking ไม่ใช่แค่เป็นการเก็บแซมเปิล แต่เป็นการสร้างเพื่อการทำงานวิจัยที่ดีขึ้นเพือลด irreproducible ของการทำงานวิจัย เพราะถ้าผลมันไม่สามารถ traceable ความน่าเชื่อถือของงานทดลองก็อาจจะลดลง -- ลองดูจาก เปเปอร์นี้ 4. การทำ biobanking -- เป็น project driven ไม่ใช่ว่าเก็บแล้ว แล้วมาหาโปรเจคทำทีหลัง เพราะค่า maintenance จะสูง และการวางแผนในการในการเก็บตัวอย่างจะไม่เป็นระบบ ซึ่งส่งผลต่อการทำไปใช้หรือการทำวิจัย ลองไปดูตัวอย่าง เปเปอร์  ของ Dr. Jennifer ที่เกี่ยวข้องกับการจัดการ biobank