Random Records

 https://pst2026.md.chula.ac.th/# Proteome - Nanopore focus -- 5% in nucleus is transcription factors which related to the disease. Currently, ~ 10 drugs targeting transcription factor. -- TF that not response well to the drug -- 1. majorly appears as complex proteins 2. low abundance (มีปริมาณน้อยมาก) 3.highly disordered ถ้าจะ predict ด้วย alphafold ก็จะทำได้ยาก เพราะว่าโครงสร้างไม่ solid look like a spagetti - hardly to form 3D (I guess it requires substrate to bind before forming the solid 3D) -- แลบนี้มีความพยายามที่จะหายาที่ target TF เป็นบริษัท starup ที่ทำเกือบทุกอย่างเป็นระบบ automate -------- Nanopore  -- เหมาะสำหรับการทำ Single cell -- ตัว pore มีอยู่ 2 ประเภท 1.biological type 2. solid state nanopore (หลัก ๆ งานจะใช้ตัวนี้เนื่องจากจะใช้กับงาน protein sequencing) -- ในการอ่านลำดับโปรตีน -- ต้องทำให้โครงสร้างมันเป็สายเดี่ยว ๆ ก่อนก่อนที่จะลง pore ซึ่งเทคโนโลยีตอนนี้จะมี enzyme ที่ช่วยในการคลายโครงสร้างดังกล่าวอยู่แล้ว ------- KRAS -- in CCA -- Mutation signature ของ c...

Original link:   https://science.mahidol.ac.th/pst2021/viweposter.php  17-Nov-2021 Engineered decoy receptor He wants to block the interaction between spike protein of virus + host dimeric ACE2 His lab  perform thousand of mutagenesis of ACE2 decoy -- to inhibit the interaction He expressed the decoy with different mutations on the human cell lines Screening for the one having the high affinity to viral spike protein Picking up the one containing high affinity and run molecular dynamics simulation to explain the interaction between the engineered decoy and viral protein One thing that they learn is that the sequence which responsible for host ACE2 binding is diverse but the structural conformation is the same He also performed the viability assay with the mouse expressing hACE2 Developing the inhibitor toward SARS-CoV-2 main protease He collaborated with computational chemistry in order to understand the interaction between protein and drug He wants to get the new inhibit...