Posts

Showing posts with the label biomarker

Note: Deciding When to Use PARP Inhibitors, and Which One

 บทความเก่า แต่เอามาเขียนสรุปสำหรับความเข้าใจตัวเอง https://www.ajmc.com/view/deciding-when-to-use-parp-inhibitors-and-which-one โดยรวม - เป็นเรื่องเกี่ยวกับการใช้ PARP1 inhibitor ว่าควรจะใช้เมื่อไหร่ ให้กับคนไข้ประเภทไหน และต้องข้อบ่งชี้อะไรบ้างก่อนที่จะให้ PARP1 inhibitor เพื่อให้เกิดประสิทธิภาพสูงสุด - โฟกัสมะเร็งรังไข่ - เนื่องจากตอนนี้มี PARP1 inhibitors อยู่ 3 ตัว ที่อยู่ในการทดลองระดับคลินิค 1.olaparib 2.rucaparib 3.niraparib - ยาทั้ง 3 ตัวมีโครงสรางทางเคมีต่างกัน และให้ประสิทธิผล และผลข้างเคียงที่ต่างกัน ดังนั้นจึงมีคำถามว่า 1. ควรให้ PARP1 แก่คนไข้ประเภทไหนดี 2.ควรจะให้เมื่อไหร่ 3.อะไรเป็นตัวบ่งชี้ (biomarkers) ว่าคนไข้คนนี้ควรจะได้รับ PARP1 และดูว่า PARP1 มีประสิทธิภาพในการรักษาแค่ไหน 4.ควรให้ PARP1 inhibitors ตัวไหน - การตัดสินใจว่าเมื่อไหร่จะใช้ PARP1 inhibitors -- ดูจากเรื่องการซ่อมแซมดีเอ็นเอของตัวเซลล์ - HR (homologous recombination) เป็นกระบวการหนึ่งในการซ่อมแซมดีเอ็นเอหักแบบสายคู่ (DNA double strand break repair) ซึ่งป้องกันเซลล์ปกติไม่ให้เกิดการกลายพันธุ์จนกระทั่ง...

Note: Standards and Guidelines for the Interpretation and Reporting of Sequence Variants in Cancer

Image
Note: Standards and Guidelines for the Interpretation and Reporting of Sequence Variants in Cancer doi: 10.1038/gim.2015.30 ในงานนี้จะมีการทำแบบสำรวจเพื่อที่จะสอบถามลักษณะการายงานผล ซึ่งจะเห็นได้ว่ามีความไม่แน่นอนในแต่ละแลบ Biomarker ก็แบ่งเป็น category ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับหลักฐานที่สนับสนุนที่ความสามารถในการใช้เป็นสารบ่งชี้ต่อหน้าที่หนึ่ง ๆ มีอยู่ 3 อย่าง Therapeutic -- บ่งบอกถึงการรักษา เช่น foci formation เป็นต้น หรือ defective in BRCA1/2 Diagnosis -- บ่งบอกว่าเป็นมะเร็งไหม และระยะไหน  Prognosis -- การทำนายโรค poor -- ไปในทางที่แย่ good -- ไปในทางที่ดีขึ้น เอาไปใช้ในการทำนายการดื้อยาได้

Note: Identifying patients eligible for PARP inhibitor treatment: from NGS-based tests to 3D functional assays

Image
Note: Identifying patients eligible for PARP inhibitor treatment: from NGS-based tests to 3D functional assays doi: 10.1038/s41416-021-01295-z ไม่ใช่ทุกคนจะได้ PARP เพราะการจะให้ PARP ต้องมีการตรวจ genetic ก่อนว่าสามารถรับ PARP ได้ไหม  โดยปกติจะใช้การตรวจ NGS แบบ specific gene panels แต่ว่ามันก็มีข้อจำกัด คือ มันจะมีกลุ่มคนป่วยบางกลุ่มที่ sensitive ต่อ PARP แต่ negative NGS results ข้อจำกัดอีกอย่างก็คือ เวลาทำ NGS เราทำกับ tissue จากคนป่วยเลย แต่เราไม่สามารถที่จะตรวจหา reversion mutation/secondary mutations -- ซึ่งมีผลทำให้ HR กลับมาทำงานเป็นปกติได้ In this paper; tumour models such as patient-derived xenografts/tumour-derived organoids Tailoring the clinicians to make better decision on treatment - giving the overview of currently available NGS-based tests - Expand to 3D functional assays -     NGS+functional assays PARP inhibitor Accumulation of DSB in BRCA1/2 defective Causing PARP-DNA complex trap Other HRD besides BRCA1/2 defective (at coding level) BRCA1/RAD51...

Biomarkers for Homologous Recombination Deficiency in Cancer

Image
 Note for: Biomarkers for Homologous Recombination Deficiency in Cancer Doi: 10.1093/jnci/djy085 Background: -           Defective in DNA repair is hallmark of cancer (Problem) -           HR-defective is of interest in clinical level due to its sensitivity to PARPi -           HR-defective measurement is important for the clinical trial design -           Identified method for HRD -- > varied and controversial -           If we understand more in this measurement, it would help the clinical trial design Aim: -           Summarize biology and clinical validation of current methods to measure HRD -           Helping in decision making to treat patient...