Posts

Showing posts from 2021

Cold storage management

Image
ที่ทำงานยังไม่มีระบบออนไลน์ซะที ให้ความเห็นไปเท่าไหร่ แต่ก็ไม่ค่อยมีความคืบหน้าเลย มหาวิทยาลัยอยากไปในอันดับที่สูงขึ้น แต่ในขณะเดียวกัน ecosystem ดี ๆ ที่สนับสนุนให้ก้าวไปถึงจุดนั้นแทบจะยากมาก คิดถึงระบบที่ PHPT ซึ่งทำงานอย่างเป็นระบบระเบียบมาก และมีระบบที่ทำให้มั่นใจได้ว่า specimen ถูกควบคุมอุณหภูมิไว้อย่างดี Locate at specimen 2 Locate at specimen 2 Locate at specimen 1 Locate at specimen 1

Thai Tastes X Metabolomics

  Thai Tastes X Metabolomics -- Zoom ( Thailand Metabolomics Society ) 20-Nov-2021 DuriOmics: model for orchards Thailand is the biggest exporter in the market. China is the biggest buyer, however, the country has opened for other countries to export durian. The team collected from the blooming period to become the fruits. They also take advantage of fruit waste to make any valuable products. They also do genome sequencing of 30 cultivars of durian. They are interested in circular economy plus synthetic biology for producing the high value compounds. They also want to develop biomarkers for breeding the durians. Nam-dok-mai wine:  during fermentation and storage They want to make wine because they want to add up the value of nam dok mai mango as some may know the mangoes have a short shelf life. They want to take a look at flavouromics during the wine fermentation of mango. Nutriomics-Flavouromics-Odouromics -- fermented fish Fermented fish vs cholangiocarcinoma Time for fish fermentat

Molecular descriptor

Image
  Ref: Molecular Descriptors for Chemoinformatics Volume II: Appendices, References QSAR มีที่มาจากงานในกลุ่มของพิษวิทยา เพื่อที่จะหาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสรา้งของสารเคมี กับ potent toxicity ซึ่งมันบันทึกอยู่ในเอกสารประมาณ 100 กว่าปีแล้ว เช่น มีการสังเกตว่า primary aliphatic alcohol which soluble in water มีพิษต่อคน ซึ่งเป็นการหาความสัมพันธ์ระหว่าง molecular structure+property = toxicity Crum-Brown and Fraser (1868-1869) พยายามหาสัมพันธ์ระหว่าง function (f) of its chemical constitution (c) vs physiological action of a substance in a certain biological system  (Φ)                                                                       Φ  = f(c)  ด้วยฟังก์ชั่นของเครื่องหมาย integration ซึ่งหมายถึงการเปลี่ยนแปลงของตัวแปร ดังนั้นแล้วการที่มีการเปลี่ยนแปลง chemical constituent จึงหมายถึงผลกระทบต่อ physiological action ของbiological system สมการตัวนี้ ถือว่าเป็นสมการตัวแรกที่บอกถึง ความสัมพันธ์เชิงปริมาณระหว่าง โครงสร้าง กับ activity (quantitative structure-activity relationship) Ref: An intr

PST-16

Original link:   https://science.mahidol.ac.th/pst2021/viweposter.php  17-Nov-2021 Engineered decoy receptor He wants to block the interaction between spike protein of virus + host dimeric ACE2 His lab  perform thousand of mutagenesis of ACE2 decoy -- to inhibit the interaction He expressed the decoy with different mutations on the human cell lines Screening for the one having the high affinity to viral spike protein Picking up the one containing high affinity and run molecular dynamics simulation to explain the interaction between the engineered decoy and viral protein One thing that they learn is that the sequence which responsible for host ACE2 binding is diverse but the structural conformation is the same He also performed the viability assay with the mouse expressing hACE2 Developing the inhibitor toward SARS-CoV-2 main protease He collaborated with computational chemistry in order to understand the interaction between protein and drug He wants to get the new inhibitor as the alte

Python commands

Markdown for jupyter notebook https://www.ibm.com/docs/en/db2-event-store/2.0.0?topic=notebooks-markdown-jupyter-cheatsheet All about pip pip install  #to install the pck pip list  #to list the installed pck Import os os.chdir(r'copy the path from window')  #to change directory Import matpltlib plt.savefig('file_name.tif')  #to save figure

20 คำถามจากหนังสือ Brain Maker

Image
คำถาม 20 ข้อเพื่อเช็คคุณภาพของทางเดินอาหาร 1.ในระหว่างการตั้งครรภ์ คุณแม่ได้รับประทานยาปฏิชีวนะหรือเปล่า 2.ในระหว่างการตั้งครรภ์ คุณแม่ได้ทานยากลุ่มสเตียรอยด์หรือเปล่า เช่น พวก prednisone 3.คุณเกิดโดยการผ่าคลอดหรือเปล่า 4.ในช่วงเป็นทารก ได้ทานนมแม่น้อยกว่า 1 เดือนหรือเปล่า 5.คุณมีปัญหาในเรื่องการติดเชื้อบริเวณหูหรือลำคอบ่อย ๆ หรือไม่ในระหว่างที่คุณยังเป็นเด็ก 6.ตอนที่คุณยังเป็นเด็ก คุณต้องใช้ท่อหู (ear tube) หรือไม่ 7.คุณต้องผ่าตัดเอาต่อมทอนซิลออกหรือเปล่า 8.คุณเคยต้องใช้ยาจำพวกสเตียรอยด์ที่เป็นจำพวกยาสูด (nasal/breathing inhaler) เป็นเวลานานกว่า 1 สัปดาห์หรือเปล่า 9.คุณต้องทานยาปฏิชีวนะอย่างน้อย 1 ครั้ง ในทุก ๆ 2-3 ปีหรือเปล่า 10.คุณต้องทานยาจำพวกยาลดกรดหรือเปล่า 11.คุณแพ้ gluten ไหม 12.คุณมีอาการแพ้อาหารไหม 13.คุณมีอาการแพ้ต่อสารเคมีที่ใช้ในชีวิตประจำวันมากกว่าคนทั่ว ๆ ไปหรือเปล่า 14.คุณถูกวินิจฉัยว่าเป็นโรคภูมิต้านทานเนื้อเยื่อตัวเองหรือไม่ 15.คุณเป็นเบาหวานประเภท 2 หรือไม่ 16.คุณมีน้ำหนักเกินเกณฑ์มากกว่า 9 กิโลกรัมหรือเปล่า 17.คุณมีปัญหาเรื่องโรคลำไส้แปรปรวน หรือไม่ 18.คุณมีปัญหาเร

Money coach - a note from book

Image
สิ่งที่ได้เรียนรู้จากการอ่านหนังสือ money coach Good wealth คือ ความมั่งคั่งที่ดี -- ความมั่งมี (ความมั่งคั่ง + ความดี) สร้างได้โดยทำตามกฎแห่งความมั่งมี ย่อ ๆ คือ 3D 1.Law of desire -- จงตั้งใจปรารถนาความมั่งมี เพื่อความสุขของครอบครัว และสังคม ซึ่งจะเป็นแหล่งแห่งพลังสู่ความสำเร็จ 2.Law of discipline -- จงสร้างวินัยทางการเงินสามประการ + ขยันทำงาน ด้วยความสุขใจ + พอเพียงในการจับจ่าย ฉลาดใช้เงินอย่างคุ้มค่า + เพลิดเพลินกับการลงทุน โดยการหาความรู้เรื่องการลงทุน 3.Law of distribution -- รวยแล้วต้องรู้จักแบ่งปัน เพื่อให้ไม่โลภเกิน + การให้เป็นเหตุให้มีความสุขมากกว่าการรับ -- https://www.goodreads.com/book/show/36301944-money-coach

Goals in Life - a note

โดย ดร.ประเวช ตันติเวชกุล เป้าหมายหลัก ๆ ของชีวิต ถ้าลองพิจารณาใคร่ครวญให้ดีจะตกอยู่ที่ประเด็นเหล่านี้ และเราต้องหาความลงตัวในแต่ละประเด็น แต่ละคนก็จะมีการเทน้ำหนักไม่เท่ากันในสี่ข้อนี้ แต่ท้ายสุดแล้ว สิ่งที่สำคัญคือการที่เราต้องรู้จักตัวเอง และรู้ว่าเราจะบาลานซ์สี่ข้อนี้อย่างไร เพื่อให้การมีชีวิตนั้นมีความสุข 1.biological goal ต้องเข้าใจก่อนว่าการมีชีวิตอยู่ของคนนั้นก็เพื่อการดำรงเผ่าพันธุ์ ซึ่งการดำรงซึ่งเผ่าพันธุ์ ก็คือ การสืบพันธ์ ความอยากมีอะไรร่วมกันเพื่อก่อให้เกิดการมีชีวิตใหม่เพื่อการสืบพันธ์ุกัน ซึ่งจะพีคสุดในช่วงวัยเจริญพันธุ์ นอกเหนือไปจากการสืบพันธุ์แล้ว การอยู่ร่วมกันแบบเป็นฝูงก็มีส่วน การเป็นที่ยอมรับ ก็เป็นส่วนหนึ่งของเป้าหมายทางชีวภาพ ที่มนุษย์นั้นมีเป็นปกติ ดังนั้นจึงไม่ต้องแปลกใจที่คนเราชอบมีความคิดที่เปรียบเทียบกับคนอื่น ๆ เพื่อต้องการเช็คว่าเรายังอยู่ในกลุ่มหรือเปล่า ทั้งนี้เพื่อความอยู่รอดปลอดภัย และการดำรงค์ซึ่งเผ่าพันธุ์ 2.การค้นหาเส้นทางการงานเพื่อการทำมาหากิน ทั้งนี้เพื่อความมั่นคงของชีวิต และเพื่อสามารถเลี้ยงตนเองได้ ลองมานั่งทบทวนดูตัวเองว่างานแบบไหนที่ตอบโจท

ANRRC 2021 -- biobanking

Image
https://www.anrrc2021.com/ 1. มีโอกาสได้ฟัง conference นี้ โดยเฉพาะช่วงที่บรรยายโดย Dr. Jennifer ที่เป็นเรื่องเกี่ยวกับ human biobanking 2. เพราะที่ทำงาน ทำงานเกี่ยวกับ biobanking เหมือนกัน แต่ก็รู้สึกตกใจเมื่อการทำงานไม่มี SOP support และไม่มีแผนงานที่ทุกคนเข้าใจในเป้าหมายเดียวกัน ซึ่งเป็นเรื่องที่สำคัญมาก 3. การมี biobanking ไม่ใช่แค่เป็นการเก็บแซมเปิล แต่เป็นการสร้างเพื่อการทำงานวิจัยที่ดีขึ้นเพือลด irreproducible ของการทำงานวิจัย เพราะถ้าผลมันไม่สามารถ traceable ความน่าเชื่อถือของงานทดลองก็อาจจะลดลง -- ลองดูจาก เปเปอร์นี้ 4. การทำ biobanking -- เป็น project driven ไม่ใช่ว่าเก็บแล้ว แล้วมาหาโปรเจคทำทีหลัง เพราะค่า maintenance จะสูง และการวางแผนในการในการเก็บตัวอย่างจะไม่เป็นระบบ ซึ่งส่งผลต่อการทำไปใช้หรือการทำวิจัย ลองไปดูตัวอย่าง เปเปอร์  ของ Dr. Jennifer ที่เกี่ยวข้องกับการจัดการ biobank  

Note: Grant allocation?

 Future trend? 10 main industries in Thailand with 7 universities (I did not jot down which universities though) -- more information on 10 future industries which will increase productivity: https://waa.inter.nstda.or.th/stks/pub/2017/20171114-oie.pdf There should be a non-degree curriculum which should not take for longer than one year. They mentioned that university council is the key factor to this transformation. Compared to countries which have their own innovation like in South Korea which the government invested more budget on R&D. They mentioned that the university should build the prototype and the private sector should commercialize afterward. The university should receive the research’s questions from the private sector and perform the research from that point. EEC is developed according to Stanford University’s model by which the university does the research to answer the industry's obstacles. However, the process is stuck by Thai’s law because each law seems to ea

Note: How the economic machine works

Image
ระบบเศรษฐกิจทำงานกันยังไง ระบบเศรษฐกิจเกิดมาจากผลรวมจากการแลกเปลี่ยนระหว่างกัน (transaction) ซึ่งประกอบไปด้วย Productivity growth  Short-term debt cycle Long-term debt cycle Transaction composed of buyer and seller Buyer Money or credit Seller Product Service  Financial assets Total spending = money + credit -- > driving the economy Total spending/total quantity of selling stuff = price ถ้าเรามีความเข้าใจในเรื่องของการแลกเปลี่ยน เราก็จะมีความเข้าใจในเรื่องของระบบเศรษฐกิจ  ตลาด (market) -- เป็นแหล่ง transaction ที่เกิดขึ้นกันระหว่างผู้ซื้อกับผู้ขาย Economy ก็เกิดมาจาก กิจกรรม Transaction ทั้งหมดที่เกิดขึ้นในตลาดต่าง ๆ นี่แหล่ะ เหมือนกับเป็น sum ของ total spending/total quantity of selling stuff แหล่งที่เกิดการแลกเปลี่ยนมากที่สุด คือ รัฐบาล รัฐบาลกลาง (central government) ทำหน้าที่เก็บภาษี ธนาคารกลาง (central bank) ทำหน้าที่ควบคุมปริมาณเงินในระบบ กับกำหนดอัตราดอกเบี้ย -- ดังนั้นจึงเป็นหน่วยงานที่มีบทบาสำคัญในเรื่องของการกำหนดเครดิต Interest rate Printing money เครดิต เป็นเรื่องสำคัญมา