Posts

Showing posts from 2022

Note: Proteomic and Glycosylation Analysis of Biotherapeutic Proteins (hosted by -BRIC)

Image
Note: Proteomic and Glycosylation Analysis of Biotherapeutic Proteins Webinar hosted by : Bioprocess Research and Innovation Centre (BRIC) Application of mass spectrometry to Biopharma https://www.ema.europa.eu/en https://www.ema.europa.eu/en/human-regulatory/research-development/scientific-guidelines/biologicals/biologicals-active-substance#manufacture,-characterisation-and-control-of-the-active-substance-section ตัวอย่างที่เขายกมาคือ monoclonal antibody ก็คือ ต้องโชว์ว่าโคลนตัวนี้สามารถที่จะผลิต protein ที่เหมือนกับ genetic materials หรือเปล่า และแต่ละลอตมีปัญหาหรือเปล่า สิ่งที่เราอ่านก็คือ peptide map แล้วเอามาเทียบกันในแต่ละลอต IgG – glycosylated protein – glycan on the protein must be characterized, depending on the cell types you are using – glycosylation pattern is very different in each cell type. Heterogeneity มี micro and macro Micro ต่างกันที่ side chain นิดเดียว Macro ต่างกันที่ pattern ที่ไป glycosylate เลย ขึ้นอยู่กับว่าเราจะดีเทคแบบไหน วิธีดีเทคแต่ละแบบก็จะ consume เวลา

Note: chronochemotherapy

Image
- เอามาจาก the scientist - ร่างกายของคนเราปกติแล้วจะ align with external environment, esp. light, temperature หรือแม้กระทั่ง meals - ยกตัวอย่าง light เข้ามากระทบ retina ส่งสัญญาณไปที่ Suprachiasmatic Nucleus (SCN) ซึ่งเป็น core circadian clock ในร่างกายของเรา หลังจากนั้น core clock ก็จะส่งสัญญาณไปที่อวัยวะต่าง ๆ ให้ทำงาน align กัน เพื่อตอบสนอง light-dark cycle - การที่เรามีพฤติกรรมที่ ไม่สอดคล้องกับ biological clock ก็จะทำให้ร่างกายเรารวน และมีความเสี่ยงที่จะทำให้เกิดโรคต่าง ๆ ขึ้นได้ เช่น โรคนอนไม่หลับ หรือโรคที่เกี่ยวกับปัญหาการนอนหลับ โรคหลอดเลือดหัวใจ หลอดเลือดตีบ ความดันโลหิตสูง เบาหวาน หรือแม้กระทั่งโรคทางด้านจิตประสาท และมะเร็ง - เพราะการดำเนินชีวิตที่ไม่สอดคล้องกับ biological clock ทำให้ metabolism เราผิดเพี้ยนไปจากเดิม และรักษา homeostasis ได้ค่อนข้างยาก - ซึ่งจากหลักการข้างต้น ถ้าเรามีความเข้าใจว่าในแต่ละช่วงเวลา ร่างกายของเรามีการทำงานอย่างไร เราสามารถที่จะเลือกช่วงเวลาการใ้เคมีบำบัดอันจะส่งผลให้เกิดประสิทธิภาพสูงสุด และลดผลข้างเคียงลงได้ เพราะในแต่ละช่วงเวลาร่างกายมี me

Note: How to wake up early, even if you are a night owl!

How to wake up early, even if you are a night owl! NPR - Life Kit : Health  Rerun episode:   Kavitha George – host of Alaska public media  – she is responsible for this episode of podcast in Life Kit (NPR) เริ่มด้วยคำถาม ทำไมการตื่นเช้าจึงน่าจะเป็นประโยชน์สำหรับคุณ – ซึ่งมันมีการศึกษาถึงความสัมพันธ์ระหว่างคนตื่นเช้า กับประสิทธิภาพต่าง ๆ เช่น เกรดที่ได้จากการเรียน การติดแอลกอฮอล์ ภาวะซึมเศร้า หรือการเกิดอุบัติเหตุเกี่ยวกับยานยนต์ จากการศึกษาพวกนี้ พบว่า คนที่เป็น morning person น่าจะมี potential ในการได้เกรดที่ดี ติดแอกอฮอล์ต่ำ ไม่ค่อยมีภาวะซึมเศร้า หรือแม้กระทั่งการเกิดอุบัติเหตุเกี่ยวกับยานยนตร์ก็ค่อนข้างน้อย มาแนะนำ อ. แพทย์ที่ทำงานทางด้าน Sleep medicine Dr. Katherine M. Sharkey  – Associate Professor of Psychiatry and Human Behavior at the Alpert Medical School of Brown University ซึ่งอธิบายได้ง่าย ๆ ถึงคำตอบต่อคำถามข้างต้นว่า คนที่เป็น night owl ส่วนใหญ่นั้นจะพักผ่อนไม่ค่อยเพียงพอ ทำให้ performance ไม่ค่อยดีเท่าที่ควร เมื่อเทียบกับคนที่เป็น morning lark Things to know to improve 1

Note: Deciding When to Use PARP Inhibitors, and Which One

 บทความเก่า แต่เอามาเขียนสรุปสำหรับความเข้าใจตัวเอง https://www.ajmc.com/view/deciding-when-to-use-parp-inhibitors-and-which-one โดยรวม - เป็นเรื่องเกี่ยวกับการใช้ PARP1 inhibitor ว่าควรจะใช้เมื่อไหร่ ให้กับคนไข้ประเภทไหน และต้องข้อบ่งชี้อะไรบ้างก่อนที่จะให้ PARP1 inhibitor เพื่อให้เกิดประสิทธิภาพสูงสุด - โฟกัสมะเร็งรังไข่ - เนื่องจากตอนนี้มี PARP1 inhibitors อยู่ 3 ตัว ที่อยู่ในการทดลองระดับคลินิค 1.olaparib 2.rucaparib 3.niraparib - ยาทั้ง 3 ตัวมีโครงสรางทางเคมีต่างกัน และให้ประสิทธิผล และผลข้างเคียงที่ต่างกัน ดังนั้นจึงมีคำถามว่า 1. ควรให้ PARP1 แก่คนไข้ประเภทไหนดี 2.ควรจะให้เมื่อไหร่ 3.อะไรเป็นตัวบ่งชี้ (biomarkers) ว่าคนไข้คนนี้ควรจะได้รับ PARP1 และดูว่า PARP1 มีประสิทธิภาพในการรักษาแค่ไหน 4.ควรให้ PARP1 inhibitors ตัวไหน - การตัดสินใจว่าเมื่อไหร่จะใช้ PARP1 inhibitors -- ดูจากเรื่องการซ่อมแซมดีเอ็นเอของตัวเซลล์ - HR (homologous recombination) เป็นกระบวการหนึ่งในการซ่อมแซมดีเอ็นเอหักแบบสายคู่ (DNA double strand break repair) ซึ่งป้องกันเซลล์ปกติไม่ให้เกิดการกลายพันธุ์จนกระทั่งกลาย

Worldwide experimental platform

Image
 https://thewep.org/  (MCTQ) I know this from coursera:  Circadian clocks: how rhythms structure life Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU) The course was conducted by two professors: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=Roenneberg+T&cauthor_id=26196479 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=Merrow+M&cauthor_id=34816105 The course goes from the big picture to the molecular level. Learning the new terms related to chronobiology. 

AKI and leaky gut theory (MS reading)

Image

Note: PARP1i and ATRi combination in TK6 model (reading MS)

Image

Publication fee (update)

Image
 แปะไว้กันลืม

Mixed Method Research

Image
 Mixed Method Research -- introduced by SHEE - Faculty of Medicine, Siriraj Hospital 1. Lecturer is very well-explained. 2. I used this method to do the research and realized later it is called mixed method research. 3. It contains both qualitative and quantitative. 4. The research which I have done previously and I think we used mixed method:  Chitphuk, S.; Stitchantrakul, W.; Ongphiphadhanakul, Boonsong; Kueanjinda, P.; Lerksuthirat, T.** Public perceptions on Twitter about COVID-19 vaccines in Thailand. The Southeast Asian Journal of Tropical Medicine and Public Health 2022, 53, url: https://journal.seameotropmednetwork.org/index.php/jtropmed/article/view/618 Note:

Genomics Thailand (Day 2)

Image
 

Genomics Thailand (Day 4)

Image
 Online tools and databases Biomart -- python search " https://github.com/search?l=Python&q=biomart&type=Repositories "

IESA-BIS (business incubator school)

ไม่รู้เลยว่า CEO ของ Dentiste เปิดมหาวิทยาลัย IESA เพื่อสอนให้คนสามารถทำธุรกิจเป็น (หลักสูตร BIS ) ฟังดูแนวคิดแล้วเข้าท่าดี เหมาะกับยุคปัจจุบัน ที่การเป็นลูกจ้างองค์กรในบางตำแหน่งนั้นอัตราการแข่งขันสูง ชอบไอเดียที่ให้ทำ 80% แล้วอีก 20% เอามาจับกับทฤษฎีที่มีอยู่ เพราะสุดท้ายผู้เรียนก็ต้องเอาตัวรอดเป็น ทำมาหากินได้ด้วยตัวเอง และเสียภาษีให้กับระบบ เพื่อให้สังคมโดยรวมมันเดินไปได้ ถ้าหลักสูตรมหาวิทยาลัย เปิดมาแล้ว ผู้เรียนจบแล้ว หางานยากมาก หรือไม่ได้สอนทักษะในการหาเงิน เราว่าหลักสูตรแบบนี้ควรต้องปรับปรุง การที่ผู้เรียนว่างงาน มันเท่ากับว่าสูญเสียทรัพยากรไปเหมือนกัน และในลักษณะเดียวกัน ก็ต้องมีสภาพแวดล้อมที่ต้องทำให้เกิดการเจริญเติบโตทางเศรษฐกิจ ไม่งั้นแล้ว จำนวนงานมันน้อยลงแน่นอน หรือคนไม่มีกำลังจะซื้อของเพื่อแลกเปลี่ยนมูลค่ากัน  แต่อีกมุมหนึ่ง ตัวผู้เรียน ก็ต้องมีความพร้อมที่จะทำด้วย ตามคอนเซปเขาเลย ททท ทำทันที ถ้าคนที่มาเรียน มาเอาแต่นั่งเรียน แต่ไม่ลงมือทำ ก็จบเลย -- ดังนั้น เขาคัดผู้เรียน ปล. ไม่แน่ใจว่าค่าเรียนเท่าไหร่นะ

Genomics Thailand (Day 3)

Image

Genomics Thailand (Day 1)

Image
  The talk was from Dr. Sissades Tongsima , very inspired though - he talked about how he relearned things. I have never known he is an industral engineer not the computer engineer. Recent progress update:  https://www.tshg.or.th/forum/kh-muulokhrngkaarcchiionmikspraethsaithy/raayngaankhwaamkaawhnaapracchameduue-nkh-ngokhrngkaar-genomics-thailand-r-beduue-nkanyaayn-65

Circadian Medicine -- quality of life depending on understanding our biological clock

Image
 

Note: Medical Cannabis

Image
 

APCO - value stock? issue with health claim

Image
บังเอิญว่าเห็นแอดใน FB เยอะมากเลยมาดูหน่อยว่ามันเกี่ยวข้องกับ T-cell ยังไงบ้าง ค้นไปค้นมา เพิ่งรู้ว่า บ.นี้ อยู่ในตลาดหลักทรัพย์ด้วยภายใต้ชื่อ APCO ลองดู Oppday/Q1 ดูแล้วเหมือนธุรกิจทำกำไรจากการขายแบบบอกต่อ ๆ กัน เป็นบริษัทที่ทำเกี่ยวกับอาหารเสริมเท่านั้น แต่ดูจากวีดีโอเหมือนมีฤทธิ์คล้ายยาเลย แต่พอไปค้นดู literatures ที่เกี่ยวข้องกลับพบว่า clinical trials เกี่ยวข้องกับเคลมไม่มีเลย ถ้าเซิร์ชผ่านชื่อของ ประธาน บ. ถ้าดูใน Oppday แล้ว หลักการทางวิชาการ แทบไม่มีความชัดเจนเลย และไม่มี logical flow (weak evidence-based) และถ้าไปดู ผลงานวิจัยและพัฒนา ในเว็บของ APCO เอง ก็ตกใจเข้าไปใหญ่เมื่อข้อมูลเป็นข้อมูลที่ไม่ได้ผ่านการพิจารณาจาก วารสารทางวิชาการระดับนานาชาติ เลยไม่แน่ใจว่าหุ้นตัวนี้จะสามารถเป็น value stock ได้หรือเปล่า Oppday/Q1 -- APCO บทสัมภาษณ์ของ CEO ใน optimise ของเกียรตินาคิน ดูแล้วมีวิสัยทัศน์ และมีความมุ่งมั่นดี แต่ลักษณะการเคลมถึงประสิทธิผล ควรจะต้องมีการทดลองระดับคลินิคด้วย ไม่งั้นแล้วความน่าเชื่อถือน้อยมาก ลองมาดูบทสัมภาษณ์ของ อ. เขาใน perspective -- ดูมี passion ดี -- แต่แกย

Food safety by SciSpec seminar

Image

Lessons from Dr.Yui -- Perspective interview

Image
 what I have learnt (creative writing mode - no grammar) - risk is reduced when you know what is it and what is for. - text books teaching you in the academic do not inform you everything, learning by doing in real-life will extend your knowledge and becoming personal experiences. - sticking with business that entering a growth curve, there will be a demand for the products. it will be much easier to do the business. to growth exponentially during the S-curve, better to enter capital (stock market to obtain the funding from mass). obtaining mass funding -- > the ability to build mass products and reduce the cost of construction - she studies from the success company and found that those company had the strategic partner to accelerate the path of success - to find a good strategic partner, mindset must be on the same way. otherwise, it could not get along in long run. what is their philosophy? whether it correlates to ours? - there is no 100% fairness. that was she believed - give f

ISO 5058-1:2021(en) Biotechnology — Genome editing

Image
ไม่นึกว่าจะมี standard ในเรื่องการกำหนดคำที่ใช้ในงานตัดแต่งพันธุกรรม เอามาแปะไว้ เผื่อหาทางดาวน์โหลดต้นฉบับได้ เนื่องจากเทคโนโลยีนี้กำลังอยู่ในงานวิจัยทางคลินิคหลาย ๆ งาน และเพื่อป้องกันความสับสนเขาเลยตั้งมาตรฐานในการใช้คำต่าง ๆ เพื่อให้สื่อสารได้อย่างเข้าใจตรงกัน https://www.iso.org/obp/ui/#iso:std:iso:5058:-1:ed-1:v1:en

Ethic case for using social media information for research

Image
 https://sp.mahidol.ac.th/th/Intro-Researcher/(4-2-65)-final-social-media-research-penchan-edited.pdf

Statistic for genomic data science

สถิติ ช่วยอะไรได้บ้าง 1. เอามาใช้ในการสุ่มเลือกกลุ่มประชากร เพื่อใช้ได้การศึกษา ซึ่งต้องดูว่าจะสุ่มเลือกตัวอย่างแบบไหน 2. การสุ่มเลือกที่ดี คือ ต้องสามารถเอามาเป็นตัวแทนของข้อมูลที่ถูกสุ่มมาได้เป็นอย่างดี 3. สถิติยังช่วยในเรื่องของการอธิบายลักษณะของกลุ่มประชากรที่ถูกสุ่มมา จากการเรียนรู้ผ่านทางกลุ่มตัวอย่าง

English levels -- Reading

Image
Source: https://www.efset.org/english-score/ Source:  https://www.ets.org/s/toefl_itp/pdf/38781-TOEFL-itp-flyer_Level1_HR.pdf Marking for myself -- Mine would be categorized as B2, but I would like to improve to C1-2. The university sets a TOEIC score level of at least 400 to recruit staff, but I seriously think it is too low for the academic environment. TOEIC was 775 (listening 455, reading 320) - 2007-04-21 TOEFL-ITP was 533 (listening 55, structure + written 47, reading 58) - 2009-12-12 IELTS was 6.0 (listening 5.5, reading 6.5, writing 5.5, speaking 6.5) - 2014-05-17 TOEIC was 900 (listening 470, reading 430) - 2016-05-16

ทุนยุทธศาสตร์วิจัย มม.

Image
สรุป -- สำหรับ อ./นักวิจัยรุ่นใหม่ speed ในการทำงาน acadmic ถูกกระทบจาก การจัดการ (เช่น เรื่องเอกสารต่าง ๆ) และ ระบบสนับสนุนต่าง ๆ (เช่น ค่าตีพิมพ์ เครื่องมือ และ manpower) --    1. มหาวิทยาลัยใช้ ranking เพื่อเอามาเป็นไม้บรรรทัดวัดตัวเอง 2. การที่จะได้อันดับสูงขึ้น citation มีความสำคัญมากกว่าจำนวนการตีพิมพ์ และ impact มีผลมากกว่าจำนวนการตีพิมพ์ 3. ยิ่งตีพิมพ์ใน Q1 จะทำให้ได้ จน. การอ้างอิงค่อนข้างเยอะ และถ้าต้องการบูสเพิ่มไปอีก คือ ต้องอยู่ใน T1 ของ Q1 4. AXISS -- > กองบริหารงานวิจัยจะเริ่มใช้เกณฑ์นี้เป็นตัวจับเรื่องทิศทางการขอทุน - A -- Advanced research -- เป็นงานวิจัยขั้นสูง - X -- field / Corporate Collaboration -- มีการร่วมมือกันในหลากหลายสาขาความเชี่ยวชาญ - I -- internationl collaboration -- มีการร่วมมือระหว่างนานาชาติ - I -- innovation -- มีนวัตกรรมที่ส่งผลเชิงบวกต่อสังคม - SDGs -- related research -- comply with 17 SDGs 5. PREP จะมีการอบรมอาจารย์ใหม่ ๆ เพื่อส่งเสริมประสิทธิภาพให้ดีขึ้น และจะมีตลอดปี 6. @MUREX line -- > fastest way to communicate the research funds