Posts

Showing posts with the label Genome editing

ISO 5058-1:2021(en) Biotechnology — Genome editing

Image
ไม่นึกว่าจะมี standard ในเรื่องการกำหนดคำที่ใช้ในงานตัดแต่งพันธุกรรม เอามาแปะไว้ เผื่อหาทางดาวน์โหลดต้นฉบับได้ เนื่องจากเทคโนโลยีนี้กำลังอยู่ในงานวิจัยทางคลินิคหลาย ๆ งาน และเพื่อป้องกันความสับสนเขาเลยตั้งมาตรฐานในการใช้คำต่าง ๆ เพื่อให้สื่อสารได้อย่างเข้าใจตรงกัน https://www.iso.org/obp/ui/#iso:std:iso:5058:-1:ed-1:v1:en

Note: Prime Editing: Genome Editing for Rare Genetic Diseases Without Double-Strand Breaks or Donor DNA

Image
Note: Prime Editing: Genome Editing for Rare Genetic Diseases Without Double-Strand Breaks or Donor DNA doi: 10.3389/fgene.2020.00528 เพราะเห็นชื่อบริษัท Beam therapeutic ผ่านทาง ARK investment เลยคลิ๊กเข้าไปดูรายละเอียดปรากฎว่าเป็นบริษัทที่ใช้เทคโนโลยีใหม่ในการตัดแต่งจีโนม หลัก ๆ ก็ยังใช้ Cas9  (ซึ่งเทคโนโลยี Cas9 ก็มีบริษัท CRISPR therapeutics เป็นของตัวเองเหมือนกัน แต่ยังคงใช้ template DNA ในการกระบวนการตัดแต่งจีโนมอยู่) แต่ว่าไปทำการเปลี่ยนแปลงหน้าที่ของ Cas9 เช่น ทำให้มีความสามารถตัดแบบสายเดียว หรือ ทำให้ส่วนที่เป็น endonuclease สูญเสียฟังก์ชันไปเลย และเอาตัว Cas9 ไปเชื่อมกับ เอนไซม์ตัวอื่น ๆ ที่สามารถตัดแต่งลำดับเบสใน DNA/RNA ได้ ซึ่งมีตั้งแต่ deaminase enzyme และ reverse-transcriptase ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับวัตถุประสงค์ในการตัดต่อ genome ว่าจะเป็นไหน Link สำหรับโพสต์เก่าสำหรับการอธิบายอย่างง่าย ๆ ในเรื่องการตัดแต่งพันธุกรรม Prime editing --  Using longer than usual guide RNA -- known as prime editing gRNA (pegRNA) Fusion protein Cas9-H840A nickase fused to an engineered ...

TSB2018 - focus on regenerative medicine

Image
Note from  Annual Meeting of the Thai Society for Biotechnology and International Conference (TSB 2018) I enjoy the tissue engineering part at the most. Tissue engineering preparation 1. facing the issue production inconsistency - vary lot by lot 2. try to use robot arm to solve the issue, however, there are some steps which the robot arm could not replace the human labor. The robot arm in some extent is much slower and less delicate in term of movement than human labor. 3. learning that Thailand so far could not produce the robot arm + clean room platform - KMUTT (Bio-processing unit - pilot plant) makes the collaboration with Japan -> to make this comes to reality -- though Thai side could not produce the robot arm, at least, the team can make the software to control the arm as well as to design the workflow. 4. There are many things that all the physicians mentioned, especially when applying to the patients; - iPS technology was awarded by the Nobel prize in the year...

Genome editing technology short note

เทคโนโลยีการตัดแต่งจีโนม (Genome editing technology) เป็นเทคโนโลยีที่อาศัยการกระตุ้นของการเกิด DNA double strand break แล้วเหนี่ยวนำให้เกิดกระบวนการซ่อมแซม DNA อันจะมีอยู่ 2 วีธีหลัก คือ  1. Homologous recombination (HR) ซึ่งต้องการ template ในการที่จะซ่อมแซมความเสียหายที่เกิดขึ้น ผลจากการซ่อมแซมดังกล่าวจะทำให้ได้สายของสารพันธุกรรมกลับมาเป็นอย่างเดิม (error-free) 2. Non-homologous end-joining (NHEJ) เป็นการซ่อมแซมแบบต่อสายของ DNA ที่ขาดเข้าโดยตรง ซึ่งกระบวนการต่อนั้นโดยปกติแล้วจะมีการเพิ่ม หรือการเติมของสารพันธุกรรมกลับเข้าไปในบริเวณที่เกิด DNA double strand break นอกเหนือไปจากนี้แล้ว อาจจะทำให้เกิดการ translocation ของตัว genome อันเนื่องมาจากการต่อกันที่ผิดของตัวแท่งโครโมโซม ดังนั้นแล้ววิธีการซ่อมแซมดังกล่าวส่งผลให้เกิดการเปลี่ยนแปลงของ genome (error-prone) ณ ตอนนี้เทคโนโลยีที่มีการกล่าวถึงมากที่สุด คือ Zinc finger, TALENs และ CRISPR/Cas ซึ่งถือว่าเป็นเทคโนโลยีสมัยใหม่ในการตัดแต่งจีโนม เทคโนโลยีทั้งสามดังกล่าวจะเกี่ยวข้องกับการทำให้เกิด DNA double strand break ก่อนโดยอาศ...