Genomics Thailand (Day 4)

-

 Online tools and databases


Biomart -- python search "https://github.com/search?l=Python&q=biomart&type=Repositories"

Comments

Post a Comment

Most viewed blogs

Useful links (updated: 2025-07-20)

-
Image
Tracking the parcel 1.Logistics tracking https://t-lerksuthirat.blogspot.com/2020/06/logistics-links-tracking-parcel.html ----------------- For Ramathibodi Hospital staff 1.Mini Core Facilities https://minicore-rarc.blogspot.com/ Sharing the passion for the instruments that I use frequently. 2. Research fund and data analysis https://www.rama.mahidol.ac.th/research/fundsandanalysis/ 3. Online reserve meeting room Research Center RAMA http://10.6.155.100/rai/ 4.MU Legal Office https://op.mahidol.ac.th/la/ 5.Safety training/self-educate @ Research Center RAMA https://sites.google.com/site/rclabsafety/ 6. RC-related forms and document (via LAN) \\10.6.155.100\f\ แบบฟอร์มต่างๆสำนักงานวิจัย http://wss9/sites/hospital/research  (through RAMA only intranet) 7.Personal performance agreement evaluation https://intra9.rama.mahidol.ac.th/hc/th/e-pa https://www3.ra.mahidol.ac.th/ePerformance/ https://pms.mahidol.ac.th/  (new) 8.Research Division -Mahidol University...
Read more

Genome editing technology short note

-
เทคโนโลยีการตัดแต่งจีโนม (Genome editing technology) เป็นเทคโนโลยีที่อาศัยการกระตุ้นของการเกิด DNA double strand break แล้วเหนี่ยวนำให้เกิดกระบวนการซ่อมแซม DNA อันจะมีอยู่ 2 วีธีหลัก คือ  1. Homologous recombination (HR) ซึ่งต้องการ template ในการที่จะซ่อมแซมความเสียหายที่เกิดขึ้น ผลจากการซ่อมแซมดังกล่าวจะทำให้ได้สายของสารพันธุกรรมกลับมาเป็นอย่างเดิม (error-free) 2. Non-homologous end-joining (NHEJ) เป็นการซ่อมแซมแบบต่อสายของ DNA ที่ขาดเข้าโดยตรง ซึ่งกระบวนการต่อนั้นโดยปกติแล้วจะมีการเพิ่ม หรือการเติมของสารพันธุกรรมกลับเข้าไปในบริเวณที่เกิด DNA double strand break นอกเหนือไปจากนี้แล้ว อาจจะทำให้เกิดการ translocation ของตัว genome อันเนื่องมาจากการต่อกันที่ผิดของตัวแท่งโครโมโซม ดังนั้นแล้ววิธีการซ่อมแซมดังกล่าวส่งผลให้เกิดการเปลี่ยนแปลงของ genome (error-prone) ณ ตอนนี้เทคโนโลยีที่มีการกล่าวถึงมากที่สุด คือ Zinc finger, TALENs และ CRISPR/Cas ซึ่งถือว่าเป็นเทคโนโลยีสมัยใหม่ในการตัดแต่งจีโนม เทคโนโลยีทั้งสามดังกล่าวจะเกี่ยวข้องกับการทำให้เกิด DNA double strand break ก่อนโดยอาศ...
Read more

Umbrella vs Basket Trial

-
Image
I have heard these two trails for the first time at JCMS2017 from Dr. Somponart (SISP). Besides, I have heard my colleague talked about her principal investigator want to examine whether cholangiocarcinoma has the mutations that are drugable to the current drug market, especially in Thailand, where not many choices of the affordable targeted therapy are available. I think it is quite useful, at least, for me to have a very short note on it. Article: Novel Precision Medicine Trial Designs Umbrellas and Baskets Ref: 10.1001/jamaoncol.2016.5299 Precision concept: Finding the specific mutations and get the precise drug to treat -- Before the precision medicine era: *one size fits all -- specific mutation driving cancer Trend is changing since new technology + minor population want to be completely free from cancer *initiate two new differential trail designs *Umbrella trial - focus on one type of cancers but different genetic mutations (based on its origina...
Read more