Note: Big Data Management for Genomics Thailand (SI - Strategic Resesearch Forum)

-

Talk by Dr. Sissades Tongsima (National Biobank of Thailand)

Understanding risk – > can aid us in making important life decisions to have a good health


  1. Thai-mutation database

  2. Biobank – MoPH

  3. Sequencing facility – ThaiOmics – private company run through BGI

  4. Computational infrastructure from NSTDA


Operational plan

  1. Recruit patients

  2. Draw Blood sent to MoPH –  extract DNA with standard protocol

  3. DNA shift to ThaiOmics (Burapa U.)

  4. Send the data to NSTDA – creating tool for users easy to use

สิ่งที่เขาเอามาคือ

  • Variation by comparing with GRCh38

  • Looking at frequency of each variation

  • See further whether it effects the exons, and protein structures

As of now (2023-07-17)

  • ~30,000 have been recruited


Software

  • Variant @nnotation and prioritization ปกติแล้วจะต้องซื้อเขาเอา –

  • หลัก ๆ คือ เอา variants ที่น่าจะมีความเกี่ยวข้องกับโรค เอาออกมา –

  • โดยดูในเรื่องของ sequence alignment, see whether they are conserved –

  • this step requires expert domain to interpret and feedback the platform

Cancer

  • Targeted sequencing (using gene panels to sequence) – Dr.Manop

  • But WGS can reveal more information 

Old blogs -- related to genomic Thailand:

https://t-lerksuthirat.blogspot.com/2022/10/geneomics-thailand-day-1.html

https://t-lerksuthirat.blogspot.com/2022/11/genomics-thailand-day-2.html

https://t-lerksuthirat.blogspot.com/2022/10/genomic-thailand-day-3.html

https://t-lerksuthirat.blogspot.com/2022/11/genomic-thailand-3.html


Comments

Post a Comment

Popular posts from this blog

Useful links (updated: 2024-10-23)

-
Image
Tracking the parcel 1.Logistics tracking https://t-lerksuthirat.blogspot.com/2020/06/logistics-links-tracking-parcel.html ----------------- For Ramathibodi Hospital staff 1.Mini Core Facilities https://minicore-rarc.blogspot.com/ Sharing the passion for the instruments that I use frequently. 2. Research fund and data analysis https://www.rama.mahidol.ac.th/research/fundsandanalysis/ 3. Online reserve meeting room Research Center RAMA http://10.6.155.100/rai/ 4.MU Legal Office https://op.mahidol.ac.th/la/ 5.Safety training/self-educate @ Research Center RAMA https://sites.google.com/site/rclabsafety/ 6. RC-related forms and document (via LAN) \\10.6.155.100\f\ แบบฟอร์มต่างๆสำนักงานวิจัย http://wss9/sites/hospital/research  (through RAMA only intranet) 7.Personal performance agreement evaluation https://intra9.rama.mahidol.ac.th/hc/th/e-pa https://www3.ra.mahidol.ac.th/ePerformance/ https://pms.mahidol.ac.th/  (new) 8.Research Division -Mahidol University https://op.m
Read more

Odd ratio - อัตราส่วนของความต่าง

-
Image
เนื่องจากอ่านบทความวิชาการต่างประเทศแล้วไม่เข้าใจในค่าทางสถิติบางตัวก็เลยมานั่งค้นข้อมูลใน อ.อากู๋ ซึ่งก็ตกมาเป็น paper ตัวนี้ เป็นบทความสั้น ๆ และง่ายต่อการทำความเข้าใจ Paper: Explaining odds ratios (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20842279) Odd ratio - เป็นอัตราส่วนที่บ่งบอกถึงความสัมพันธ์ของปัจจัย (exposure) ที่คาดว่าน่าจะส่งผลต่อผลลัพธ์ที่เราต้องการจะศึกษา (outcome) ซึ่งค่าอัตราส่วนต่าง ๆ สามารถคำนวนและแปลผล ได้ดังต่อไปนี้ Odd ratio 1.Compare the relative odds of the occurrence of the outcome of interest (disease/disorder)by given the exposure to the variable of interest (health characteristic/behaviors) 2.determine the risk factor whether it affects the out come Calculation for the OR: OR = (expose -outcome1/non-expose-outcome1)orange line/(expose-outcome2/non-expose-outcome2)green line Looking at the OR OR = 1; Exposure does not affect odds  of out come OR > 1; Exposure associated with higher odds of outcome OR< 1; Exposure associat
Read more

Note: A Road to Real World Impact (new MU-President and Team) - update 12 Sep 2024

-
Image
  10 กค 2024 List executive board: https://mahidol.ac.th/th/executive-2024/ หน้าที่ของบริหารคือต้อง syc ให้ทำงานร่วมกัน และต้องเป็น facilitator คนแก่เยอะ และจะเริ่มเป็นปัญหา Digital disruption Geopolitics – US/Europe มีความสำคัญ แต่ตอนนี้ย้ายมาเป็นจีน อินเดีย ที่เริ่มจะเข้ามามีบทบาท Climate change Gap between generation คนรุ่นใหม่ไม่อยากทำงานหนัก และมีเวลาเป็นส่วนตัวมากขึ้น แต่คนสูงอายุชอบเรื่องท้าทาย และอึดอดทน Uncertainty change for example การเมือง เมื่อก่อนให้ความสำคัญกับการตีพิมพ์ และแร็งกิ่ง แต่ contribution toward society is what? – > พยายามที่จะเข้าสู่ real world impact ที่มีประโยชน์ต่อประชาชน เช่น เรื่องกัญชา จะเข้าหรือไม่เข้าสู่สารเสพติด หรือ บุหรี่ไฟฟ้า หรือเรื่อง มุ่งเน้นการสร้างผลิตภัณฑ์ที่น่าจะใช้ได้จริง เพื่อเป็นประโยชน์ต่อคน S1 – สร้างงานวิจัยระดับโลก S2 – นวัตกรรมการศึกษา เพื่อสร้างบัณฑิตให้ตอบโจทย์ S3 – บริการทางด้านสังคม เช่น บริการวิชาการ S4 – นวัตกรรมการบริหารเพื่อความยั่งนื่น A1 – sync ให้ทำงานร่วมกันระหว่างการแพทย์ สังคม และวิทยาศาสตร์และเทค A2 – อำนาจทางผู้เร
Read more