Random Records

Just having a chance to visit another science institute in Thailand, VISTECH . It is located at the eastern part of Thailand in Rayong province. As I have listened to the news, very soon there will be a big investment in this area for sure, especially on economics (as I saw in the brochure "hub of industrial research and innovation"). Click the link below for the papers which have been published by his group. Dr.Tom Ellis Another few things to update: There will be three innovation clusters (basically from NSTDA); 1.biopolis 2.aripolis 3.space innopolis which will move to here at VISTECH. New upgraded national light synchrotron will be built here! (last time that I visited synchrotron at Korat, they still debate where it should be located as well as the funding source for promoting the upgraded synchrotron). Note from the lecture: Synthetic biology has become a roadmap for UK development plan (also Singapore, I have been heard that the government tried to...

Would you like to shift the baseline of happiness? Which side will you let it win? - Check these two videos! Click for her research on Pubmed

Note for: Impact of DNA repair pathways on the cytotoxicity of piperlongumine in chicken DT40 cell-lines (doi: 10.18632/genesandcancer.26) One of the paper which was cited by this one, has just been retracted recently (2018, Sep -- Selective killing of cancer cells by a small molecule targeting the stress response to ROS. Nature.  2011;475:231-4 ). It was the original work which showed that Piperlongumine can generate ROS which eventually was the major mechanism killing the cancer cell lines. Piperlongumine induces ROS. Aim; examine the contribution of ROS-induced DNA damage to the cytotoxicity by piperlongumine. Method; various DNA repair-deficient chicken DT40 cell-lines with a single DNA repair gene deletion were tested for cellular sensitivity to piperlongumine. ROS is necessary for several physiological responses, including differentiation, immunity, metabolic adaptation and autophagy. A fine balance between the production of ROS and the detoxifi...

Note for: Molecular mechanisms of etoposide (doi: 10.17179/excli2015-561) TopoII - introducing transient breaks in the DNA molecule. involved in fundamental biological processes such as DNA replication, transcription, DNA repair and chromatin remodeling. A tyrosine in the active site of the enzyme initiates the first transesterification and forms a covalent adduct with the phosphate in the backbone of the DNA molecule. TopoII can perform three kinds of reactions while DNA relaxation is in common to TopoI, catenation/decatenation and knotting/unknotting are TopoII specific. Etoposide poisons the TopoII cleavage complexes (TopoIIcc) and inhibits the second step of the reaction (i.e. DNA religation). Mammals have two TopoII isoenzymes, TopoIIa and beta that are differently regulated during cell growth. TopoIIalpha is a proliferation marker and is greatly elevated in tumor cells, beta isoenzyme is present in proliferating as well as postmitotic cells (cell not devide anymo...

For writing a grant proposal. ยุทธศาสตร์ชาติ ภาษาไทย (ฉบับเต็ม) ยุทธศาสตร์ชาติ ภาษาไทย (ฉบับย่อ) National Strategy Plan (English-Summery) Ref:  http://www.nesdb.go.th/ewt_news.php?nid=7099  (เปลี่ยนโครงสร้างแล้ว) -- obsolete link ตอนนี้เปลี่ยนจาก NESDB ไปเป็น NESDC https://www.nesdc.go.th/nesdb_en/ewt_news.php?nid=4258 New link:  http://nscr.nesdc.go.th/ns/

ไปฟัง special seminar เรื่อง "pathogen elimination by probiotic bacillus via signaling interference" ซึ่งเข้าใจว่าจัดโดยหลักสูตรเวชศาสตร์ปริวรรต คณะแพทยศาสตร์ รพ.รามาธิบดี Original work ของวิทยากร ดร.พิพัฒน์ ผิวงาม ได้ลงตีพิมพ์ใน Nature (click) โน้ตไว้สำหรับตัวเอง 1.  Staphylococcus aureus เป็นเชื้อแบคที่เรียที่เจอได้ทั่ว ๆ ไปในสิ่งแวดล้อม และเป็นเชื้อที่สามารถทำให้เกิดโรคติดเชื้อได้ เมื่อภูมิคุ้มกันของร่างกายลดลง 2.เข้าใจว่าสมมุติฐานครั้งแรกที่ทำไมถึงเก็บตัวอย่างจากป้ายน้ำจากโพรงจมูก กับอุจจาระ จากสี่ภาคของประเทศไทย แล้วดู microbiome ก็เพื่อหาความสัมพันธ์ระหว่าง microbiome กับความสามารถในการสร้างโคโลนีของ S. aureus  (high-salt media plate ซึ่งเป็นเพลตที่เหมาะต่อการเลี้ยง  S. aureus ) แต่เอาเข้าจริงแล้วให้ผลไม่แตกต่างกัน  3.แต่เมื่อสังเกตดูดี ๆ ในเพลตที่เลี้ยงเชื้อเพื่อสังเกตความสามารถในการสร้างโคโลนีของ  S. aureus พบว่า ใเพลตที่มีเชื้อแปลก ๆ ขึ้นมา กลับกลายเป็นว่าความสามารถในการสร้างคโลนีของ  S. aureus ลดลง หลังจากการวิเคราะห์ในภายหลังแล้วพบ...

บังเอิญว่าเจอบทความป้อนเข้ามาผ่านทางสื่อออนไลน์ก็เลย คลิ๊ก เข้าไปอ่านเสียหน่อย (เข้าใจว่าเป็นจังหว่ะครบรอบการเสียชีวิต 1 ปีของ Ben Barres นักวิจัยที่มีความชำนาญในเรื่องกลไกทางระบบประสาท) สรุปง่าย ๆ คือ 1.หัวหน้าแลบที่รับโพสต์ด็อก เข้าไปทำงาน ควรจะให้โอกาสโพสด็อกคนนั้นนำเอางานที่กำลังทำอยู่ไปต่อยอดได้ ซึ่งผู้เขียนเขาก็เห็นว่ามันเป็นแรงผลักดันให้เกิดนวัตกรรมและการค้นพบใหม่ทางด้านวิทยาศาสตร์ 2.ผู้เขียนชี้ประเด็นที่ว่า จริง ๆ แล้ว อาชีพโพสต์ด็อก เป็นอาชีพที่มีรายได้น้อยอยู่แล้ว แต่เมื่อจบการฝึกฝนจากตรงนั้นมาแล้ว เขาเหล่านั้นได้ผลตอบแทนเป็นอะไรบ้าง? และเป็นไปได้ไหมที่โพสต์ด็อกจะเอาโปรเจคที่ผ่านการฝึกนั้นไปทำต่อเมื่อได้มีโอกาสตั้งแลบใหม่? และหัวหน้าแลบที่โพสต์ด็อกไปฝึกด้วยนั้น จะไม่มองว่าเป็นคู่แข่งขัน? ซึ่งผู้เขียนเห็นว่า เห็นด้วยที่โพสต์ด็อกควรได้รับโอกาสที่จะเอาโปรเจคที่เขาได้ทำมานั้นไปทำต่อในแลบใหม่ และไม่ควรคิดว่าเป็นคู่แข่งขัน เพราะนั่นเป็นสิทธิพื้นฐานต่อความสำเร็จสำหรับนักวิจัยรุ่นใหม่ 3.ผู้เขียนเห็นว่าประเด็นดังกล่าวนั้น "touchy" คือ มันเป็นเรื่องค่อนข้าง...

Note: Topoisomerases as anticancer targets (doi: 10.1042/BCJ20160583) topoisomerase poisoning -- replication fork arrest and DSB formation. Side effect of topo-II -- development of secondary cancers and cardiotoxicity. There are two types of DNA topoisomerases, type I and type II. – Actually it should be 3? Type I topoisomerases break one DNA strand of duplex DNA to allow either the passage of the other DNA strand through the break or the rotation of downstream DNA duplex about the break, and then reseal the broken strand. Topo-I (each subtype has different mechanism); 1.TopoIA -- requires nick or single-stranded region to bind 2.TopoIB -- cleave one strand of duplex DNA 3.TopoIC -- cleave one strand of duplex DNA Type II topo isomerases alter the linking number in steps of two by breaking both DNA strands of duplex DNA. There are two subtypes of type II topoisomerases (working as homodimer), type IIA and type IIB. Each subtype of topoisomerase is ...

Note for: Systematic E2 screening reveals a UBE2D-RNF138-CtIP axis promoting DNA repair (doi: 10.1038/ncb3260) Very nice piece of work, I would say. It reflects the complexity of living thing is, especially, post-translational modification processes which control the cellular function through adding the small molecule namely ubiquitin to certain protein. Unrepaired DSB -- genome instability, tumorigenesis, neurodegeneration or premature ageing. The team used UBE2Ds to screen for the binding partner during the DSB responses (using IR in this case). This study found RNF138 was the binding partner for UBE2Ds during the DSB responses. RNF138 promotes CtIF ubiquitination. Key to initiating HR is DNA-end resection promoted by CtIP (RBBP8) recruitment to DSB sites, yielding single-stranded DNA (ssDNA) that is rapidly bound by RPA and subsequently replaced by RAD51, leading to strand invasion and ensuing HR processes. Gap -- how CtIP and early HR events are regulated, ho...